这样从几个方面来看：
一、运行机制：
Java代码被编译成字节码后，会在虚拟机里由JIT进行二次编译成为本地码，据传言其执行速度可以和C++相媲美，经过我自己测试，用Java实现一个简单的Memcache协议的缓存服务器，在Java 1.6下运行，和memcache本身相比，同样数据量的存取时间比大概是3:2，虽然有差距，但是比想象的要好很多。Java 1.7在JIT方面做了大量的改进，性能比Java 1.6还要好。
PHP是直接对文本代码进行解释执行，即便有opcode缓存技术，仍然有不可逾越的性能鸿沟。PHP的opcode类似于java的class字节码，仍是解释执行。
二、处理并发：
Java在并发处理上采取单进程多线程的方式，web应用会随着web server的启动而启动，而来自web 浏览器的请求将被分配给线程池内的闲置线程处理，也就是说当有请求到达的时候，进程是准备好的，线程是准备好的，Java要做的仅仅是业务逻辑处理了。
PHP在并发处理上时采取多进程的方式，在web server里没有物理的web应用概念，每个请求都相当于一个独立的应用，而进程也随着请求的到达才启动，而随着请求的结束而消亡。在Fast CGI环境下，有类似于线程池的进程池技术，对性能提高有很大的帮助。然而一方面web server和Fast cgi通讯仍需要通过socket，多出了一定的IO损耗，另一方面进程池内的进程间也很难进行通讯，所以在并发处理上仍然无法和Java相比。
三、数据库应用：
Java可以采用数据库连接池技术，节省下数据库连接过程带来的时间损失。
PHP没有这个好处，原因来自上面的第二条。
在数据库接口上java有JDBC，PHP有PDO，这两个很类似。然而Java有非常多的ORM技术框架(如Hibernate)使数据库操作变得异常简单，而PHP的运行方式决定了它是ORM的禁区（当然也可以做ORM，只是做到什么程度是由你对ORM带来的性能损耗的忍受程度决定的）。
四、缓存技术
Java是单进程，很多缓存可以直接在Java的heap中做，而无需借助外在的工具，当然也有很好的缓存框架，比如Ehcache，因为没有网络IO，所以性能非常高。
PHP多进程单线程决定了它只能借助外来的缓存服务器，比如Memcache.
五、热部署
Java的热部署能力很弱，如果希望修个BUG而不停服是很难做到的。
PHP天然热部署。
六、开发成本
一个好Java程序员所需的知识储备更多，开发、调试所需的周期较长，好点的web server也都是收费的。
PHP免费、web server也免费。
七、安全性
这个要看你怎么来定义安全性，如果是代码安全，java class反编译很容易，这点上来说两者差不多。
Java有安全配置机制可保证一些“非法操作”无法执行，这点上来说PHP较弱。
然而Java很容易因为一个BUG导致整个应用宕掉，PHP就安全的多。
其实要说起来Java的好处多多，然而仅仅最后三条就可以让决策者取PHP而弃Java.来源： <http://www.dewen.org/q/525>
“Java可以采用数据库连接池技术，节省下数据库连接过程带来的时间损失。
PHP没有这个好处，原因来自上面的第二条。”
原因说的具体点，就是php无法保存全局变量，php类中虽然有static变量，但是这个变量在一次http请求结束后就会被从内存中删除掉，但是java的static变量是可以一直存在内存中。这样php就无法使用“池”这种技术，因为无法将池中的数据保存下来
我从JSP和PHP的底层运作、框架扩展两个方面来谈谈两者的优劣。
1.底层运作:PHP使用两层、JSP使用三层来处理用户的请求和回显。
PHP的两层:Web服务器软件(Apache、Nginx)->PHP Zend解析器解释脚本并回显。
JSP的三层:Web服务器软件(Apache、Nginx)->容器->Java虚拟机解析Servlet并回显。
“容器“是JSP中的一个重要概念，容器可以控制servlet的生命周期(实例化和回收servlet);支持多线程调用servlet并处理线程销毁;使用XML配置安全性，不用写死在servlet里，不用重新编译;把JSP代码翻译为Java代码。
PHP少了这个中间层，像多线程、安全性自然不如JSP。但PHP可以采用Opcode技术把脚本解析的结果缓到内存(比如使用APC、eAccelerator、XCache)，省略了由PHP脚本到Opcode解析过程。这样速度当然比“把JSP代码翻译为Java代码”再由Java虚拟机解释执行快。不过对于动态确定的内容无法使用Opcode缓存技术。
2.框架扩展：
PHP提供扩展，方便与其它语言相互调用(如C)，也有成熟的PECL扩展可用。
JSP支持多框架，如1)使用Hibernate做数据持久连接，这也是JSP操作数据库比PHP快好多倍的原因，其次JSP与DB的接口操作也方便。2)使用Spring调用JavaBean处理业务逻辑。且JSP有Java做后盾，可以调用很多J2EE成熟的库(如EJB)，而PHP是做不到的。
另外，向@毛杭军说的，”PHP开发的人已习惯用由JAVA发扬光大的一些优点”，PHP是面向过程的，所以开发快。而JSP有Java提供的诸多类库，是面向对象的，所以功能强，但开发慢。之前公司做大型XXX系统服务器网站，使用的是JSP+ Oracle数据库。淘宝网也使用的也是相同的架构。
一、 语言比较
Php是解释执行的服务器脚本语言，首先php有简单容易上手的特点。语法和c语言比较象，所以学过c语言的程序员可以很快的熟悉php的开发。而java需要先学好java的语法和熟悉一些核心的类库，懂得面向对象的程序设计方法。所以java不如php好学。
Java首先要编译成字节码.class文件，然后在java虚拟机上解释执行。Java的web开发首先最容易想到的就是JSP（现在已经到JSP2.0），原来的java的web开发都是用servlet来实现的，用servlet来开发需要程序员在java的源文件中嵌入大量的html代码。所以后来就出现了JSP,JSP可以方便的嵌入到html文件当中，其实jsp文件在服务器上执行的时候首先会被应用服务器转换成servlet，然后再编译执行。Jsp可以通过servlet和JavaBean的支持产生强大的功能。JavaBean 是一种可复用的、跨平台的软件组件。使用javabean可以方便的实现java代码和html的分离，能够增强系统的功能和软件的复用性。
Java的web开发属于SUN公司定义的J2EE其中的规范。而且在J2EE中包括了java的web开发的所有方面，如：JSP、Servlet、JDBC、JNDI、JAVABEAN、EJB等等。J2EE就特别适合于做大型的企业级的应用。
二、 数据库访问比较
Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库。访问数据库的接口比较统一。
PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。例如：用Java开发的web应用从MySQL数据库转到Oracle数据库只需要做很少的修改。而PHP则需要做大量的修改工作。
三、 系统设计架构比较
采用Java的web开发技术，需要使用的是面向对象的系统设计方法，而PHP还是采用面向过程的开发方法。所以用Java进行开发前期需要做大量的系统分析和设计的工作。
四、 跨平台性
Java和PHP都有很好的跨平台的特性。几乎都可以在不作任何修改的情况下运行在Linux或者Windows等不同的操作系统上。
五、 开发成本比较
PHP最经典的组合就是：PHP + MySQL + Apache。非常适合开发中小型的web应用，开发的速度比较快。而且所有的软件都是开源免费的，可以减少投入。
Java的web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：Web Sphere和 Web logic。
六、 分布式多层架构比较
PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就比较强大，可以实现多层的网络架构。数据库层（持久化层）、应用（业务）逻辑层、表示逻辑层彼此分开，而且现在不同的层都已经有一些成熟的开发框架的支持。例如Struts就是利用java的web开发技术实现了MVC的设计模式，而在业务逻辑层也有Spring框架，数据库持久化层有Hibernate等框架。这些框架可以方便开发者高效、合理、科学得架构多层的商业应用。
下面简要的说一下Struts，它实质上是在JSP Model2的基础上实现的一个MVC（Model、View、Controler）框架。JSP Model2体系结构是一种联合使用JSP 与Servlet 来提供动态内容的方法。在Struts框架中，模型由实现业务逻辑的JavaBean或EJB组件构成，控制器由Servlet实现的，视图由一组JSP文件组成。采用Struts可以明确角色的定义和开发者与网页设计者的分工。而且项目越复杂，其优势越明显。
七、 源代码安全
PHP开发的程序的源代码都是公开的，他人拿到php开发的程序后都可以进行修改。
Java开发的程序，最后用户拿到的是只是一些编译好的class类，无法看到完整的源代码，安全性高。
八、性能比较
有人做过试验，对这两种种语言分别做回圈性能测试及存取Oracle数据库测试。
在循环性能测试中，JSP只用了令人吃惊的四秒钟就结束了20000＊20000的回圈。而PHP测试的是2000＊2000循环（少一个数量级），却分别用了63秒。
数据库测试中，二者分别对 Oracle 8 进行 1000 次 Insert,Update,Select和Delete： JSP 需要 13 秒，PHP 需要 69 秒。
这两种语言使用的场景不是很一样，php一般用来做内容管理系统、论坛（以上两项代表是康盛的产品）、博客（facebook）、社交（微博）。
java一般用做企业级的开发，这种开发的重点适应业务需求的变动性，而且业务的复杂度也比较高。如果性能要求高的，也是要首选java。
facebook、百度、新浪的访问量也很大，但是他们仅仅将php作为页面展示层。facebook使用了多种语言（php，c/c++,java,erlang等），他们的php直接编译成c++运行，php和各个语言之间使用shift框架进行通信。同时facebook使用大量的nosql。
新浪微博的php，估计也是使用他们自己的引擎，新浪有ACE，估计底层有一些C的扩展。同时他们还有自己的KVDB，来处理大数据。
百度底层的搜索算法层应该是C写的，牵扯到数据库处理层，估计是java或者c写的。
所以说如果使用php处理大数据的话，一般是大公司用，这时候php就退化为一个界面展示层。
java处理大数据，依靠他先天的优势，可以方便的使用连接池等技术，又有soa等成熟技术处理分布式的业务需求。这方便国内的代表肯定是淘宝、阿里巴巴。